Muchas gracias Nacho
Aviso que los subtitulos tienen caracteres extraños. Extraje los subtitulos con MKVExtractGUI2, los "guarde como" ANSII con el Bloc de Notas. Luego los abrí con Subtitle Workshop y "guarde como" SUPRIP (formato UTF-8) y los volví a incrustar en el MKV y problema solucionado.