Lo que tienes que hacer es extraer las pistas de video y audio del mkv con MKVExtractGUI2 y mkvmerge GUI. No tengo los links de descarga de los programas aca, pero si los quieres te los busco. Con MKVExtractGUI2 extraes las pistas de audio y video y con mkvmerge GUI armas un nuevo mkv con las pistas de audio, pista de video y los 2 subtitulos Srt que tienes. Les pones el nombre a cada cosa y le das a multiplexar. En 5 minutos tienes un mkv con 2 subtitulos que no quedan pegados y los cuales puedes seleccionar.
Espero haberte ayudado, si necesitas mas datos, aulla.