Bueno, lo resolvi de otra manera. Lo que hice fue extraer todo lo del mkv y lo encapsule en mp4 mediante YAMB MP4BOX. Simplemente Remux, sin recodificar nada.
Algo curioso que note con el Media Info fue esto:
General
Nombre completo : F:\Fantastic.4.Rise.of.the.Silver.Surfer.1080p.Dual_track1_und.mp4
Formato : MPEG-4
Formato del perfil : Base Media
ID Códec : isom
Tamaño del archivo : 1,87GIB
Duración : 1h 31min.
Tasa de bits total : 2 920Kbps
Fecha de codificación : UTC 2014-02-19 06:27:56
Fecha de la etiqueta : UTC 2014-02-19 06:27:56
Aplicación de codifición : Yamb 2.1.0.0 [
http://yamb.unite-video.com]
Video
ID : 1
Formato : AVC
Formato/Info : Advanced Video Codec
Formato del perfil :
[email protected]
Ajustes del formato, CABAC : Si
Ajustes del formato, RefFrames : 3marcos
ID Códec : avc1
ID Códec/Info : Advanced Video Coding
Duración : 1h 31min.
Tasa de bits : 5 229Kbps
Tasa de bits máxima : 11,7Mbps
Ancho : 1 920pixeles
Alto : 1 080pixeles
Relación de aspecto : 16:9
Modo de velocidad de cuadro : Constante
Velocidad de cuadro : 23,976fps
ColorSpace : YUV
ChromaSubsampling : 4:2:0
BitDepth/String : 8bits
Tipo de exploración : Progresivo
Bits/(Pixel*cuadro) : 0.105
Tamaño de pista : 3,35GIB
Librería de codificación : x264 core 67 r1162M f7bfcfa
Opciones de codificación : cabac=1 / ref=3 / deblock=1:0:0 / analyse=0x3:0x133 / me=umh / subme=7 / psy_rd=1.0:0.0 / mixed_ref=1 / me_range=16 / chroma_me=1 / trellis=1 / 8x8dct=1 / cqm=0 / deadzone=21,11 / chroma_qp_offset=-2 / threads=3 / nr=0 / decimate=1 / mbaff=0 / bframes=3 / b_pyramid=0 / b_adapt=1 / b_bias=0 / direct=3 / wpredb=1 / keyint=250 / keyint_min=25 / scenecut=40 / rc=2pass / bitrate=5229 / ratetol=1.0 / qcomp=0.60 / qpmin=10 / qpmax=51 / qpstep=4 / cplxblur=20.0 / qblur=0.5 / vbv_maxrate=25000 / vbv_bufsize=25000 / ip_ratio=1.40 / pb_ratio=1.30 / aq=1:1.00
Fecha de codificación : UTC 2014-02-19 06:27:56
Fecha de la etiqueta : UTC 2014-02-19 06:54:40
Audio
ID : 2
Formato : AC-3
Formato/Info : Audio Coding 3
Format_Settings_ModeExtension : CM (complete main)
Ajustes del formato, Endianness : Big
ID Códec : ac-3
Duración : 1h 31min.
Tipo de tasa de bits : Constante
Tasa de bits : 448Kbps
Canal(es) : 6canales
Posiciones del canal : Front: L C R, Side: L R, LFE
Velocidad de muestreo : 48,0KHz
BitDepth/String : 16bits
Tamaño de pista : 294MB (15%)
Fecha de codificación : UTC 2014-02-19 06:52:35
Fecha de la etiqueta : UTC 2014-02-19 06:54:40
El video tiene mas Bitrate y capacidad que el archivo mismo, al parecer la informacion es erronea. Pese a que he comparado cuadros del video original mkv con el mp4 que he creado, no hay diferencia alguna.
No hay perdida de calidad alguna, entonces que eran los 2gb restantes del video?
EDIT
En efecto, reproduciendo la pelicula solo llega hasta el minuto 45m:35s, de ahi se detiene pese a q sale la duracion completa de 1h:31m. falta la mitad. Algo salio mal en el empaquetado que hice.